2002年，农业部启动了“无公害食品行动计划”，其中无公害农产品认证，经过5年的不断努力，认证企业和产品的数量与质量都有了很大的提高。无公害农产品（畜牧业产品）认证方面，农业部农产品质量安全中心畜牧业产品认证分中心依托全国畜牧总站承担具体认证工作，各地也相继成立了认证工作机构，全国共有无公害畜产品认证检测机构66家，从事无公害畜产品认证工作人员上万人。初步形成了布局基本合理、功能相对完整的无公害畜产品认证体系，为无公害畜产品认证提供了有力的组织保障。

从2003年开始实施认证工作以来，无公害农产品（畜牧业产品）产地认定、产品认证数量逐年增加，规模逐步扩大。2003年，畜牧产地认定数量370个；2004年，畜牧产地认定数量1527个；2005年，畜牧产地认定数量1628个；2006年，畜牧产地认定数量1663个；2007年，畜牧产地认定数量3303个。截至2007年底，全国共认定畜牧产地8491个，认定规模达43.2亿（头/只）。

2003年，认证畜牧业产品253个，企业241家，产量267.6万吨；2004年，认证畜牧业产品1050个，企业964家，产量412.79万吨；2005年，认证畜牧业产品538个，企业495家，产量135.41万吨；2006年，认证畜牧业产品643个，企业583家，产量260.04万吨；2007年，认证畜牧业产品1585个，企业1029家，产量340.79万吨；2008年8月31日前，认证畜牧业产品1352个，企业928家，产量260.2万吨。截至2008年8月31日，全国共认证畜牧业产品5569个，企业4184家，总产量1676.83万吨。

在全面加快发展、不断扩大总量规模的同时，农业部加强获证监管，保证了无公害农产品质量安全稳定可靠。2007年在农业部开展的“农产品质量安全专项整治行动”中，无公害畜产品抽检合格率达100%；在农产品质量安全中心的例行监督抽检中，无公害畜产品合格率也是100%。在各地开展的无公害畜产品监督抽检中，获证的畜产品质量也是保持在较高水平。畜牧业产品认证分中心始终重视认证的无公害畜产品质量，并提出“质量与数量并重，质量第一”的工作原则。每个申报产品必须经省级工作机构组织进行现场检查，同时分中心对每年申报的产品按5%的比率进行现场核查。这也充分保障了认证产品的质量水平。

一直以来，畜牧业产品认证分中心十分重视开展专业培训，提高认证水平。在配合好农业部农产品质量安全中心培训安排和满足各地无公害畜产品培训需求的同时，分中心也精心组织策划了专业性强、涉及内容广、师资力量雄厚的技术培训班。先后组织现场检查员培训、认证技术培训、标准化生产培训等5次，培训人数达500人。参与农业部农产品质量安全中心全国检查员、内检员培训数十余次，累计培训畜牧专业检查员、内检员3000余人。