1、科技部、财政部、税务总局组成全国高新技术企业认定管理工作领导小组(以下称"领导小组")，其主要职责为:

(一)确定全国高新技术企业认定管理工作方向，审议高新技术企业认定管理工作报告;

(二)协调、解决认定及相关政策落实中的重大问题;

(三)裁决高新技术企业认定事项中的重大争议，监督、检查各地区认定工作;

(四)对高新技术企业认定工作出现重大问题的地区，提出整改意见。

2、领导小组下设办公室。办公室设在科技部，其主要职责为:

(一)提交高新技术企业认定管理工作报告;

(二)组织实施对高新技术企业认定管理工作的检查;

(三)负责高新技术企业认定工作的专家资格的备案管理;

(四)建立并管理"高新技术企业认定管理工作网";

(五)领导小组交办的其他工作。

3、各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构(以下称"认定机构")，根据本办法开展下列工作:

(一)负责本行政区域内的高新技术企业认定工作;

(二)接受企业提出的高新技术企业资格复审;

(三)负责对已认定企业进行监督检查，受理、核实并处理有关举报;

(四)选择参与高新技术企业认定工作的专家并报领导小组办公室备案。

4、企业取得高新技术企业资格后，应依照规定到主管税务机关办理减税、免税手续。 享受减税、免税优惠的高新技术企业，减税、免税条件发生变化的，应当自发生变化之日起15日内向主管税务机关报告;不再符合减税、免税条件的，应当依法履行纳税义务;未依法纳税的，主管税务机关应当予以追缴。同时，主管税务机关在执行税收优惠政策过程中，发现企业不具备高新技术企业资格的，应提请认定机构复核。复核期间，可暂停企业享受减免税优惠。

5、高新技术企业资格自颁发证书之日起有效期为三年。企业应在期满前三个月内提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。

6、高新技术企业复审须提交近三年开展研究开发等技术创新活动的报告。

复审时应重点审查，对符合条件的进行公示与备案。

通过复审的高新技术企业资格有效期为三年。期满后，企业再次提出认定申请的，按照规定办理。

7、高新技术企业经营业务、生产技术活动等发生重大变化(如并购、重组、转业等)的，应在十五日内向认定管理机构报告;变化后不符合本办法规定条件的，应自当年起终止其高新技术企业资格;需要申请高新技术企业认定的。

高新技术企业更名的，由认定机构确认并经公示、备案后重新核发认定证书，编号与有效期不变。