禽畜的养殖应从动物福利的角度考虑。应能提供动物足够的自由活动空间，新鲜空气和自然光照。有机动物不允许在无法自由于地面行动的箱笼中养殖。群居的动物，不能单只饲养。饲料来自有机农产品，有机农场动物的育种不能违背动物的自然行为，也不能依赖高科技和集约资金的育种方法，当然更不能养殖基因改造或胚胎移植的动物。不允许为动物整形，特殊情况下必需整形，则应使动物遭受的痛苦最小，必要时需使用麻醉剂。哺乳动物的幼畜应采用母乳喂养，在运输和屠宰的过程，要尽量减少对动物造成刺激压力和痛苦。应避免动物和死动物的接触，宰杀应在使动物失去知觉的情况下实施。

有机畜禽疾病预防应依据以下原则进行：

（a）根据地区特点选择适应性强、抗性强的品种；

（b）根据畜禽需要，采用轮牧、提供优质饲料及合适的运动等饲养管理方法，增强畜禽的非特异性免疫力；

（c）确定合理的畜禽饲养密度，防止畜禽密度过大导致的健康问题。

允许在畜禽饲养场所使用附录C中所列的消毒剂。允许在畜禽饲养场所，以对畜禽绝对安全的方式使用国家批准使用的杀鼠剂和附录B中的物质。

消毒处理时，应将畜禽迁出处理区。应定期清理畜禽粪便。

允许采用中兽医、针灸、植物源制剂和顺势疗法等自然疗法医治畜禽疾病。

允许实行国家法定的预防接种。

当农场有发生某种疾病的危险而又不能用其它方法控制时，允许紧急预防接种（包括为了促使母源体抗体物质的产生而采取的接种）。但接种的疫苗不能是转基因疫苗。

禁止使用抗生素或化学合成的兽药对畜禽进行预防性治疗。

当采用多种预防措施仍无法控制畜禽疾病或伤痛时，允许在兽医的指导下对患病畜禽使用常规兽药，但必须经过该药物的停药期的二倍时间（如果二倍停药期不足48h，则必须达到48h）之后，这些畜禽及其产品才能作为有机产品出售。

禁止为了刺激畜禽生长而使用抗生素、化学合成的抗寄生虫药或其它生长促进剂。禁止使用激素控制畜禽的生殖行为（例如诱导发情、同期发情、超数排卵等）。但激素可在兽医监督下用于对个别动物进行疾病治疗。

除法定的疫苗接种外，饲养周期不足1年的只允许接受一个疗程的对抗性兽药治疗；饲养周期超过1年的，每年最多允许接受三个疗程的对抗性兽药治疗，否则该畜禽不得作为有机畜禽或有机产品出售，如该畜禽要继续留在有机养殖体系内，则必须在认证机构同意后再经过规定的转换期。

必须对疾病诊断结果、所用药物名称、剂量、给药方式、给药时间、疗程、护理方法、停药期进行记录。对于接受过常规兽药治疗的畜禽，大型动物应逐个标记，家禽和小型动物则可按群批标记。

“一品一码”，是新规的一项重要改进：即有机食品在销售时不但需要有机标志，还要有与其唯一对应的有机编码，可以追溯产品的生产、流通过程。而且有机标志要按量核发。

不过，严格的《管理办法》也是双刃剑。有机认证新标准严苛，导致成本飙升，“我们现在做有机认证一年的费用大概要十万”，一家有机农场负责人如是说。有机认证每一年都要做，不同蔬菜品种还要单独做，这绝对是一笔不小的开支，自然将那些实力较弱的小农场挡在了有机大门外。更多农场走向灰色地带，采取无证经营模式，这使生产者与消费者之间的诚信面临更大的考验。

而有机农业界的主流观点认为，真正的有机农业公司规模都不会太大，有机农业并非资本通吃。