认证机构隶属中华人民共和国农业部，是组织和指导全国绿色食品开发和管理工作的权威机构，也是绿色食品的认证机构，同时也是绿色食品标志商标的所有者。

全国各类绿色食品管理服务结构是我国绿色食品产业发展的组织依托。绿色食品组织网络建设采取委托授权的方式，并使管理系统与监测系统分离，这样不仅保证了绿色食品监督工作的公正性，而且也增加了整个绿色食品开发管理体系的科学性。

绿色食品是遵循可持续发展原则，按照绿色食品标准生产，经专门机构认定，许可使用绿色食品标志的安全、优质食品。绿色食品是在国内外农业生产背景条件下，根据我国的基本国情提出的，强调产品安全、优质、富有营养的特点。绿色食品标志是中国绿色食品在国家工商行政管理局商标局正式注册的证明商标，绿色食品的认证由中国绿色食品发展中心进行管理，各省（市、自治区）都有绿色食品管理办公室或分中心，受理绿色食品的申请和检查工作。
绿色食品为自愿性认证产品，证书的有效期为3年。绿色食品工作于1990年启动，走“质量认证与证明商标管理相结合”的发展道路，以保护农业生态环境、提高农产品（食品）质量，增进消费者健康为基本理念，推行“两端监测、过程控制、质量认证、标志管理”的技术制度；为推动我国农业的可持续发展，提高农业产品的知名度和影响力，做强安全优质农产品品牌作出了贡献。