有机食品认证的基本要求：建立完善的质量管理体系、生产过程控制体系的建立、追踪体系的确立。
一、质量管理体系的基本要求
申请有机食品认证企业（单位），须按《有机食品认证技术准则》的要求，建立并完善涵盖如下内容的管理体系：
(一)、质量管理手册
质量管理手册是阐述企业质量管理方针目标、质量体系和质量活动的纲领指导性文件，对质量管理体系作出了恰当的描述，是质量体系建立和实施中所应用的主要文件，即是质量管理体系运行中长期遵循的文件。质量管理手册的主要内容包括：
(1)企业概况；
(2)开始有机食品生产的原因、生产管理措施；
(3)企业的质量方针；
(4)企业的目标质量计划；
(5)为了有机农业的可持续发展，促进土地管理的措施；
(6)生产过程管理人员、内部检查员以及其它相关人员的责任和权限；
(7)组织机构图、企业章程等。

(二) 、操作规程
所有的操作规程都是为了将《质量保证手册》具体化的程序和方法的文件，必须经过企业内部的共同讨论通过并切实地实行。
1、作物栽培部分
①种子和种苗的选定及处理方法
②田地的准备方法
③播种及育苗方法
④基肥和追肥的制作方法
⑤基肥和追肥的施肥管理方法
⑥病、虫、草害防除的方法
⑦包括豆科作物在内的轮作制度
⑧对来自水源及周边的污染的防范和处理方法
⑨异常和办理发生时的处理或报告方法
⑩收获的方法(包括防止与普通农产品混合的措施和不合格产品的处理)
2、原料收获的管理规程
①收获方法
②有机原料识别批次号编号方法
③从收获到出货的各道工序的批次号编号管理方法
3、收获后的各道工序的规程
①从田地到加工厂的运送方法
②加工厂的接货检查程序
③筛选、加工、清洗的作业程序
④临时保管方法(与普通农产品的区分方法、有机标志等)
⑤包装程序
⑥不合格产品的处理方法
4、出货规程
5、机械、设备的维修、清扫规程
6、客户投诉的处理
7、给认证机构的报告及接受检查规程
8、记录管理规程
9、内部检查规程
10、教育、培训规程

我国的有机食品产业目前无论是规模还是发育程度都很低，总体上还是处在起步阶段，有着巨大的发展潜力，必将成为一个新型的食品支柱产业。然而由于长期以来的计划经济体制以及众多来自技术、信息、政策等方面的制约，使得我国的有机食品及其产业发展面临着极大的挑战。