南宋建立后，以赵构为首的君臣南渡，最后定都杭州。赵氏政权的南迁，使大批北方臣民随之南移。这种人口的大迁移，大流动，促进了全国各地，尤其是中原地区与江南地区饮食技艺的大交流、大融合和烹调技术的进一步提高。这其中当然也不乏中原、西北穆斯林的南迁和 清真饮食的传入。著名的一些清真名吃，如 羊肉饼、 油酥饼、韭饼、 糍糕等，其渊源都可以追溯到宋代。尽管尚无资料证明这些小吃在宋代也属清真，但至少可以说明这些小吃历史的悠久。

再到清真清末、民国时期，由于经济的发展和社会的需要，清真菜在北京得到了很大的发展和推广。清真馆过去不讲究汤水，调味偏重，用芡过多。到此时则吸收了一些山东及江南烹调的基本方法，用牛肉和鸡鸭 吊汤，力求原汁原味，纯正不膻。口味的浓厚清淡，因菜而异，形成了北京清真菜的特殊风味。

这个时期，天津清真菜也发展到鼎盛时期，陆续出现了经营高档清真菜的“十二楼”，如永无德、庆兴楼、鸿宾楼、会芳楼、会宾楼、迎宾楼、同庆楼、大观楼、宾宴楼、燕春楼、畅宾楼、富贵楼和又一春等。天津清真餐饮业还向兄弟地区输送大批烹饪人才。创建于清咸丰三年(1853年)的鸿宾楼1955年整体迁至北京，成为北京最大的天津清真风味饭庄。此外还先后派出多批穆斯林厨师支援太原、石家庄、兰州、东北等地。

民国时期，全国已经形成了一个稳定成熟的 清真饮食市场。在江南重镇南京，30年代曾有人作过调查。当时，南京约有穆斯林3万人，其中从事饮食业就有近万人。在河南开封，30年代鼓楼一条街有穆斯林开设的店铺33家，其中餐馆就占21家，这里的清真小吃品种繁多，口味鲜美，历来为人们所称道。在西南穆斯林聚居地昆明，经营餐饮业的也占很大比重。在黑龙江、海南岛、西藏等，都有品种丰富的 清真饮食市场。西安的清真餐饮业仍以 小吃为主，先后开业的有天锡楼、 同盛祥、一间楼、义祥楼、清雅斋、 白云章、益华楼、鼎兴春等，大多数都经营牛羊肉 泡馍，只有清雅斋主营河北风味炒菜、白云章经营河北风味水饺。除上述固定餐馆的坐商外，还有大量的流动商贩，出售清真小吃。